Snakemake: Python fileConfig kullanıldığında eksik RuntimeError yığın izi ()

oy
0

Yerel bir Python komut dosyasını ithal eder ve sonra bir yükseltir tek kural ile bir snakefile var RuntimeError. I snakefile çalıştırın için yığın izleme RuntimeErrorgösterilmemiştir. Kod ve snakemake çıkış aşağıda gösterilmiştir.

// test.snakefile
rule test_rule:
    run:
        from test import hello
        print(hello)
        raise RuntimeError('raising error')
// test.py
import logging
import os
from logging.config import fileConfig

log_file_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)), 'logging_config.ini')
fileConfig(log_file_path)

hello = 'hello'

snakemake çıkışı:

...
[Mon Jan 13 14:45:54 2020]
rule test_rule:
    jobid: 0

Job counts:
    count   jobs
    1   test_rule
    1
hello
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

Çizgiyi açıklama, ancak fileConfig(log_file_path)içinde test.pyve çalışma snakemake beklendiği gibi, RuntimeError yığın izlemesi basılır:

Error in rule test_rule:
    jobid: 0

RuleException:
RuntimeError in line 5 of /my-dir/test.snakefile:
raising error
  File /my-dir/test.snakefile, line 5, in __rule_test_rule
  File /usr/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py, line 56, in run
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

Bu durumda neden bilen var mı?

Oluştur 14/01/2020 saat 00:02
kaynak kullanıcı
Diğer dillerde...                            

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more